أحد أهم تطبيقات يوديد الميثيل هو استخدامه في المبيدات الحشرية كمبيد حيوي قبل الزراعة يساعد في السيطرة على مسببات الأمراض التي تنتقل عن طريق التربة والديدان الخيطية الطفيلية والأعشاب الضارة والحشرات. وفيما يلي بعض التطبيقات الرئيسية الأخرى ليوديد الميثيل. يستخدم في تحضير يوديد الميثيل المغنيسيوم (كاشف غرينيارد). يستخدم كعامل مثيلة في عملية المثيلة أثناء التخليق العضوي للفينولات مثل الأحماض الكربوكسيلية. يستخدم لتحضير هيدروكسيد رباعي ميثيل الأمونيوم.