Salah satu aplikasi terpenting metil iodida adalah digunakan dalam pestisida sebagai biosida pratanam yang membantu mengendalikan patogen yang ditularkan melalui tanah, nematoda parasit, gulma, dan serangga. Berikut ini beberapa aplikasi utama Metil Iodida lainnya. Digunakan dalam pembuatan Metil Magnesium Iodida (reagen Grignard). Digunakan sebagai agen metilasi dalam proses metilasi selama sintesis organik asam karboksilat seperti fenol. Digunakan untuk menyiapkan Tetra Metil Amonium Hidroksida.