モリブデン酸アンモニウムは、銅ファロシアニン原油の触媒、モリブデン酸イオンの供給源、分析試薬、石炭技術における脱水および脱硫の触媒、触媒製造、肥料微量栄養素、動物飼料用途、腐食防止剤、金属表面処理、高純度金属および合金 (焼結)、顔料製造、また、モリブデンフェロの製錬にも使用されています。三酸化モリブデンや金属モリブデン粉末の生産の原料として、また石油産業でもよく使用されます。